| CZ.1.07/1.1.10/01.0061 | Gymnázium Vodňany - Modernizace a zkvalitňování výuky českého jazyka a literatury II. |
| CZ.1.07/1.1.10/03.0064 | Open Gates - Modernizace jazykového vzdělávání na Gymnáziu Vodňany pomocí využití inovativních metod a technologií |
| CZ.1.07/1.1.14/02.0072 | Inovace pro konkurenceschopnost Vodňanska |
| CZ.1.07/1.1.00/56.1589 | Gymnázium Vodňany |
| CZ.1.07/1.5.00/34.0547 | IT na GV |
| CZ.1.07/1.1.10/01.0061 | Gymnázium Vodňany - Modernizace a zkvalitňování výuky českého jazyka a literatury II. |
| CZ.1.07/1.1.10/02.0072 | Rozvoj a inovace environmentálních programů na ZŠ a SŠ |